Die erste urkundliche Erwähnung von Empfingen erfolgte im Jahre 772, als die Presbyter Cletto und Franchin dem Kloster Lorsch in Hessen Schenkungen auf der "Amphinger marca" (Empfinger Mark) machten, in der sie zur Christianisierung eingesetzt waren. Der Ort ist einer der ältesten Hohenzollerns überhaupt. Bis ins 14. Jahrhundert war der größte Teil des Ortes als Lehen des Klosters Reichenau im Besitz der Grafen von Geroldseck. Im Jahre 1341 ging Empfingen dann als Lehen an die Grafen von Hohenberg über, die den Ort 1373 mit der Burg Wehrstein und Fischingen an Volz von Weitingen verpfändeten. 1381 erfolgte der Verkauf an Herzog Leopold von Österreich, 1401 übernahm Burkard von Mansperg Wehrstein mit Empfingen als hohenbergisches Lehen.

Im Jahre 1406 verlieh König Ruprecht an Burkard von Mansperg das Gericht zu Empfingen mit hoher und niederer Gerichtsbarkeit, dazu das Recht, jeden Montag einen Wochenmarkt abzuhalten. Empfingen wurde Marktflecken und den Städten beigezählt.
1419 kam Empfingen mit der Herrschaft Wehrstein an die Edlen von Weitingen. Empfingen wurde dann 1529 vom berühmt-berüchtigten Grafen Christoph von Nellenburg-Thengen erworben. Zollerisch wurde die Herrschaft Wehrstein mit Empfingen 1552 durch den Erwerb durch Jos Niklas II. von Zollern und kam 1576 zur Herrschaft Hohenzollern-Haigerloch.
1634 übernahm die Herrschaft Hohenzollern-Sigmaringen den Ort Empfingen. 1806 wurde Empfingen dem Oberamt Haigerloch zugeteilt, da aufgrund der Niederlegung der Kaiserkrone durch Kaiser Franz II. die Österreichischen Lehensrechte erloschen.
1844 zählte Empfingen über 2000 Einwohner und war somit außer Sigmaringen größter Ort des Fürstentums Hohenzollern-Sigmaringen.
Als 1849 die beiden Fürsten von Hohenzollern zugunsten des Königs von Preußen abdankten, wurde aus den beiden Fürstentümern Hechingen und Sigmaringen der preußische Regierungsbezirk Hohenzollern. Empfingen wurde preußisch!
1851 zog König Friedrich Wilhelm IV. von Preußen anläßlich der Erbhuldigung der Hohenzollernlande durch Empfingen.
1925 kam Empfingen nach der Zusammenlegung der beiden Oberämter Haigerloch und Hechingen zum Kreis Hechingen. 1945 marschierten französische Besatzungstruppen in Empfingen ein.
1971 erfolgte die Eingemeindung von Wiesenstetten und Dommelsberg nach Empfingen.
Eine große Veränderung brachte das Jahr 1973 mit sich, als durch die Kreisreform in Baden-Württemberg Empfingen aus dem Regierungsbezirk Südwürttemberg-Hohenzollern in Tübingen ausscherte und seitdem durch die Zuteilung zum Kreis Freundenstadt dem Regierungsbezirk Karlsruhe angehört. 1975 wurde mit der Stadt Horb eine Verwaltungsgemeinschaft gegründet. Sollten Sie an der Geschichte der Gemeinde Empfingen noch detailliertes Interesse haben, können Sie diese im Heimatbuch der Gemeinde Empfingen nachlesen. Das Heimatbuch wurde anläßlich der 1200-Jahr-Feier 1972 herausgegeben und kann bei der Gemeinde- und Schulbücherei ausgeliehen werden.
Von 1968 -1989 war Empfingen Bundeswehrstandort. Danach wurde die ehemalige Kaserne als Aufnahmestelle für Aussiedler bis 2006 genutzt. Zwischenzeitlich erwarb die Gemeinde das Gelände und bietet es als Gewerbefläche an.
Im Dezember 1978 wurde die A81 in Betrieb genommen. Die Gemeinde kam aus dem Verkehrsschatten und stellt direkt an der Ausfahrt ca. 50 ha Gewerbeflächen bereit.